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Los pasos iniciales para trabajar en un manual para la investigación y documentación de la tortura y otras formas de malos tratos fueron tomados en una reunión internacional en 1996, organizada por la Asociación Médica de Turquía y se inspiraron en las necesidades diarias y las prácticas experimentadas por HRFT y la Sociedad de Especialistas en Medicina Forense de Turquía. En particular, los esfuerzos para investigar la muerte de Baki Erdogan durante la detención se convirtió en un factor decisivo.

Baki Erdogan murió durante su 11º día en prisión después de haber sido trasladado al hospital estatal en Turquía. La autopsia y el informe forense oficial indicaron que como resultado de una huelga de hambre de diez días, murió de un edema pulmonar agudo.

La Asociación Médica de Turquía llevó a cabo una investigación independiente y presentó un informe sobre la medicina alternativa que puso de manifiesto numerosas deficiencias en la autopsia y la evaluación médica realizada por los peritos médicos oficiales.

El punto de referencia para la elaboración del informe médico alternativo fue el Protocolo de Minnesota, las Naciones Unidas, el Protocolo Modelo para la Investigación Legal de Ejecuciones Extrajudiciales, Arbitrarias y Sumarias, documentos ST / CSDHA / 12, creado en respuesta a la conclusión de la Relatora Especial sobre Ejecuciones Sumarias o Arbitrarias, nombrados por el Consejo Económico y Social en 1982. El informe alternativo subrayó que la investigación forense oficial era deficiente y falsa y no de acuerdo con las normas establecidas en el protocolo de Minnesota. Por otra parte, a la luz de las pruebas recogidas y otras conclusiones, la causa de muerte se determinó como el síndrome de dificultad respiratoria aguda (SDRA), resultado del uso de la tortura.